Apple araştırmacıları, protein dizilerini ve bu dizilere karşılık gelen 3 boyutlu yapıları birlikte üretebilen yeni yapay zeka modeli SimpleDesign'ı tanıttı. Yeni çalışma, protein tasarımında yaygın olarak kullanılan çok aşamalı eğitim süreçleri yerine doğrudan veri alanında çalışan uçtan uca bir yaklaşım öneriyor.
SimpleDesign protein dizisi ve yapısını nasıl öğreniyor?
SimpleFold'da olduğu gibi SimpleDesign da genel amaçlı Transformer bloklarından yararlanıyor. Transformer mimarileri özellikle metin ve kod üretiminde yaygın biçimde kullanılsa da, Apple araştırmacıları bu yapının protein dizileri ve geometrik yapılar gibi farklı veri türlerini birlikte işlemek için de kullanılabileceğini inceliyor.
Yeni modelin temel farkı, protein yapılarının önceden ayrı ve ayrık temsil biçimlerine dönüştürülmesini gerektirmemesi. SimpleDesign ise amino asit dizileri ile sürekli 3 boyutlu koordinatları doğrudan birlikte ele alıyor.
Modelin eğitimi için, büyük ölçüde AlphaFold Veritabanı'ndan tahmin edilen yapıları ve ek örnekleri bir araya getiren AFESM veri kümesinden 2 milyondan fazla protein dizisi ve yapı çifti kullanıldı.
Bozulma seviyelerinin değiştirilmesi modelin farklı protein tasarım görevlerini öğrenmesine olanak tanıdı. Her iki veri türünün de kısmen bozulduğu senaryolarda ise model, belirli bir protein dizisiyle uyumlu yapıyı ve yapıya karşılık gelebilecek diziyi birlikte öğreniyor.
